1、外形不同
花椒：果紫紅色，單個分果瓣徑4-5毫米，散生微凸起的油點，頂端有甚短的芒尖或無；種子長3.5-4.5毫米 。花期4-5月，果期8-9月或10月 。
辣椒：果實長指狀，頂端漸尖且常彎曲，未成熟時綠色，成熟后成紅色、橙色或紫紅色，味辣 。
2、生長習性不同
花椒：適宜溫暖濕潤及土層深厚肥沃壤土、沙壤土，萌蘗性強，耐寒，耐旱，喜陽光，抗病能力強，隱芽壽命長，故耐強修剪 。不耐澇，短期積水可致死亡 。【青花椒和花椒有啥區別 花椒和青椒的區別有什么】
辣椒：辣椒生育初為發芽期，催芽播種后一般5-8天左右出土，15天左右出現第一片真葉 ， 到花蕾顯露為幼苗期 。第一花穗到門椒坐主為開花期 。坐果后到拔秧為結果期 。辣椒適宜的溫度在15-34度之間 。種子發芽適宜溫度25-30度，發芽需要5-7天，低于15度或高于35度時種子不發芽 。
苗期要求溫度較高 ， 白天25-30度，夜晚15-18度最好，幼苗不耐低溫，要注意防寒 。辣椒如果在35度時會造成落花落果 。辣椒對條件水分要求嚴格，它既不耐旱也不耐澇 。喜歡比較干爽的空氣條件 。
3、作用不同
花椒：花椒果皮是香精和香料的原料，種子是優良的木本油料，油餅可用作肥料或飼料，葉可代果做調料、食用或制作椒茶；同時花椒也是干旱半干旱山區重要的水土保持樹種 。
辣椒：每百克辣椒維生素C含量高達198毫克，居蔬菜之首位 。維生素B、胡蘿卜素以及鈣、鐵等礦物質含量亦較豐富 。
醫藥專家認為 ， 辣椒能緩解胸腹冷痛，制止痢疾，殺抑胃腹內寄生蟲，控制心臟病及冠狀動脈硬化；還能刺激口腔黏膜，引起胃的蠕動 ， 促進唾液分泌，增強食欲，促進消化 。
