申請軟件版權保護的方法流程是：
1、填好中國版權保護中心提供的軟件著作權登記申請表；
2、提交登記申請材料，計算機軟件著作權登記申請表、源程序、文檔、法人企業營業執照副本復印件，自然人申請則提供身份證正反面復印件；
3、登記機構接收到申請材料之后，檢查合格，在規定的期限內通知繳費 ， 繳費后向申請人或代理人發出《受理通知書》，對于不符合要求的，發放《補正通知書》，受理登記申請后30個工作日可辦理完成；
【怎樣申請軟件版權保護】
4、登記申請受理后 ， 不久就可以看到登記信息公告和收到中國版權保護中心發放的軟件著作權登記證書 。
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