電子油門加速器的弊端主要是使車輛操作難度變大、車輛油耗增加和不方便駕駛 。
1、車輛操作難度變大：
手動擋的車型在加裝電子油門加速器后，油門變的更加靈敏 。所以在車輛起步或者換擋時，油離配合就會更難，可能會出現加油不走或者車輛憋死的情況 。
2、車輛油耗增加：
由于油門更加敏感 ， 在車輛行駛中或多或少就會使油耗有所增加 。但是油耗增大程度并不算特別嚴重，一般是可以接受的 。
3、不方便駕駛：
【電子油門加速器對車子有沒有傷害 電子油門加速器的弊端】當汽車加裝電子油門加速器后，車輛的駕駛風格就變得更加激進，自動擋車型降擋就會更加積極 。在某些道路情況復雜或者雨雪天氣下 ， 電子油門加速器激進的風格會不方便駕駛員駕駛，并且還會帶來一定的安全隱患 。
