R數(shù)據(jù)分析：孟德爾隨機(jī)化實(shí)操 _生活百科

好多同學(xué)詢問孟德爾隨機(jī)化的問題，我再來嘗試著梳理一遍，希望對大家有所幫助，首先看下圖1分鐘，盯著看將下圖印在腦海中：

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上圖是工具變量（不知道工具變量請翻之前的文章）的模式圖，明確一個(gè)點(diǎn)：我們做孟德爾的時(shí)候感興趣的是x和y的關(guān)系，也就是小b ，但是我們直接去跑x對y的回歸肯定是不對的，因?yàn)橛泻芏嗟腢，因此我們借助工具變量G（關(guān)于工具變量我們之前的文章有詳細(xì)的解釋，請自行查閱），去估計(jì)我們感興趣的小b 。
現(xiàn)在有天然良好的工具變量G ，也就是我們的基因變量，此時(shí)有上面的圖，再次重申：我們感興趣的，最終希望得到準(zhǔn)確估計(jì)的值是小b ，按照上圖我們應(yīng)該有GY的關(guān)系是ab ， GX的關(guān)系是a ，于是乎b可以寫成ab/a ，就是我們感興趣的b可以換一種思路得到，如下：

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上面的式子要跑通的話，我們需要知道G-Y的關(guān)系和G-X的關(guān)系。
但是我們GY也就是基因和結(jié)局的關(guān)系已經(jīng)有人給我們研究好了，我們可以直接去GWAS里面找研究好的summarydata拿來用就行。
但是我們的的GX也就是基因和暴露的關(guān)系也已經(jīng)有人給我們研究好了，我們可以直接去GWAS里面找研究好的summarydata拿來用就行。
也就是說，通過孟德爾隨機(jī)化，我們完全可以毫不費(fèi)力地估計(jì)出我們需要的小b ，也就是暴露和結(jié)局的關(guān)系----就是今天要再次給大家介紹的孟德爾隨機(jī)化研究。
思路就是這么清晰。就是這么清晰。搞不明白的同學(xué)再多讀幾遍。
術(shù)語解析為了幫助大家理解思想，在孟德爾隨機(jī)化的實(shí)操中有幾個(gè)術(shù)語得提點(diǎn)一波：
連鎖不平衡（linkage disequilibrium）：剛剛講我們可以有很多的基因結(jié)局/暴露的關(guān)系的，就是GWAS里面好些基因可以用，這個(gè)時(shí)候我們不希望基因之間有相關(guān)（會(huì)造成double counting ，使得結(jié)果偏倚）：

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我們實(shí)際做的時(shí)候，模式是像上圖， snp之間你說不相干就不相干？當(dāng)兩個(gè)位點(diǎn)的不同等位基因的關(guān)聯(lián)頻率高于或低于獨(dú)立隨機(jī)關(guān)聯(lián)的條件下的期望頻率，這種情況是客觀存在的，此時(shí)時(shí)這些工具變量之間相關(guān)性就叫連鎖不平衡，其大小可以用LD r方來表示，這個(gè)指標(biāo)也是我們在操作時(shí)需要設(shè)定的指標(biāo)之一。
水平基因多效性（Horizontal Pleiotropy）：理解這個(gè)概念先看下圖：

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意思是我的理想的情況是通過ab/a的操作估計(jì)出b ，但是看上圖，是不是免不了會(huì)出現(xiàn)f這條路徑，如果出現(xiàn)了f ，我們的基因和結(jié)局之間的關(guān)系就是f+ab ，此時(shí) ，我用原來的方法估計(jì)的就不是b了，而是b+f/a了，就不對了（始終記住我們關(guān)心的是b）。
但是如果我的基因變量很多，從而有很多的f ，如果所有f的期望均值為0 ，那么最后我們匯總一下得到的結(jié)果也基本上就是b了，無傷大雅。但是就怕所有的f都是一邊偏向的（都大于0或都小于0），此時(shí)就有問題了，叫做定向多效性directional pleiotropy ，這也是為什么我們最后要做漏斗圖的原因。